Según registro del SAGA para el 10 de julio del 2020 el municipo presenta 3 nuevos casos positivos de este virus
El pasado 10 de julio según el SAGA (herramienta tecnológica que abarca todos los municipios del territorio y que permite conocer con certeza el total de casos confirmados distribuidos en recuperados, tratados en casa, cantidad de personas hospitalizadas, en Unidad de Cuidados Intensivos, UCI y fallecidos), San Francisco, Cundinamarca presenta 3 casos nuevos. Un reporte positivo se había entregado el pasado 6 de julio, en donde el alcalde de este municipio a través de sus redes sociales afirmo que este nuevo contagio no pertenencia a este pueblo y que ya había dado a conocer dicha información a la Secretaria de Salud de Cundinamarca.

Sin embargo, 5 días después el SAGA no ha realizado la corrección que según el mandatario se debe hacer, sino que por el contrario se registraron dos casos más para un total de 6 casos de Covid-19 (3) Recuperados (3) Contagiados.
La situación preocupa a la comunidad san franciscana que hasta hace algunos días se consideraba como uno de los municipio libres de Covid, ahora con el incremento de contagios en la capital, el último reporte señala que en Bogotá el número de personas contagiadas superó las 42 mil y el pasado miércoles hubo récord de fallecimientos: 40 en 24 horas, para un total de 921 decesos. Al 9 de julio, ya fueron 959 fallecimientos.
Reporte Centro de Salud de San Francisco
Esta situación pone en vilo a esta pequeña población ubicada a 55 km de Bogotá en donde la Administración Municipal expresó a través de un comunicado en sus redes sociales, pilotos para la reapertura de centros religiosos, restaurantes y cafeterias sectores que no incomodan a la población sin embargo, el documento especifica que también se piensa realizar reapertura de hoteles y turismo, decisión que preocupa a la comunidad pues muchos de los turistas que visitan a este municipio provienen de la capital, zona con más indice de contagios en el país.